1、增强市场竞争力，使产品与国际市场接轨
有机农产品标准是国际上广泛认可的产品标准，通过有机农产品认证，使产品达到了国际认可的各项指标，获得了国际市场的“通行证”，有利于产品进入国际市场进行公平竞争。
2、高产品质量，明确产品档次
由于有机农产品的安全、营养、口味，所以很受欢迎，通过有机农产品认证，使农业企业对影响产品品质的各种因素与各个环节进行持续有效的控制，并且通过检测，明确有机含量，向消费者证明其是获得认证的有机产品。
3、提高企业经济效益
有机食品比普通食品的价格一般高出30％～80％，有些品种，例如有机蔬菜的价格为普通蔬菜的3～8倍。
4、规范企业行为，实现管理“法制化”
中国农业企业的产业化水平相对较低，通过有机农产品认证，使农业企业的种、养、加工等行为得到规范，同时，运用现代企业管理手段促使管理转向“法制化”，明确管理职责和工作程序，使各项工作有章可循，提高了员工队伍的素质。
5、促使农业企业生产形成良性循环
开展有机农产品认证，可以帮助解决农业企业生产所带来的严重的环境污染问题，使农业资源和环境的质量都得到改善，使企业走上持续发展的道路。